Afin de gérer "au mieux" les intersections de multilignes, vous avez la possibilité de les convertir en entités lignes indépendantes:
Sélectionnez les multilignes concernées, puis prenez la commande Édition > Sélection > Convertir > Éclater.

Ensuite vous pouvez utiliser les commandes d'ajustement 'classiques' ...